清朝从土司制 到“改土归流”

清初，政区建置仍袭明制，为四川等处承宣布政使司辖。顺治十四年（1657年），增设总督；康熙七年（1668年），改设川湖总督；康熙十九年，又改为川陕甘总督。康熙四十年前后，清军深入西部高原；雍正时，西部高原积极推行“改土归流”政策。

清代茂州仍置，顺治初属成都府，雍正六十六年（1728年）升为直隶州，领汶川县及保县；嘉庆六年（1801年），划保县入杂谷厅。

松潘厅，清初仍为松潘卫，属龙安府；雍正九年（1731年）裁卫，改松潘厅辖今若尔盖、九寨沟县、红原、阿坝县大部分地区，隶属成绵龙茂道（厅治今松潘县进安镇）。

理番厅，清初仍为杂谷安抚司，乾隆十七年（1752年）改杂谷厅、驻理番同知，乾隆二十五年升直隶厅，嘉庆八年（1803年）改为理番直隶厅。

懋功厅，顺治七年（1650年）小金川“内附”，康熙六年（1667年）大金川“内附”，雍正元年（1723年）授安抚司；乾隆四十一年（1776年）于大金川地置阿尔古直隶厅，小金川地置美诺直隶厅；乾隆四十四年省阿尔古厅入美诺厅，乾隆四十八年改为懋功屯务厅，理士屯事务。

以上州厅嘉庆前隶属成都府，嘉庆七年（1802年）后隶属成绵龙茂道。光绪三十四年（1908年），隶属川西道。

清代除沿袭明朝士司制外，又册封了一批土司。

梭磨宣慰司，康熙六十年（1721年）授长官司，乾隆十五年（1750年）授安抚司，乾隆三十六年升宣慰司（治地今马尔康市梭磨乡，管辖今红原、阿坝县、黑水、马尔康以及青海省果洛州部分地区）。

卓克基长官司，乾隆十三年（1748年）置（治地今马尔康市卓克基镇）。

松岗长官司，康熙二十三年（1684年）置（治地今马尔康市松岗镇）。

党坝长官司，乾隆十三年置（治地金川县勒乌镇勒乌村）。

小金川安抚司（卜尔吉细），顺治七年（1650年）封授（治地今小金县美兴镇）。

绰斯甲宣抚司，康熙四十一年（1702年）颁授安抚司职衔，因乾隆三十七年（1772年）出兵金川助战有功，乾隆四十一年升授宣抚司（治地今金川县周山，管辖今壤塘县一部分地区）。

沃日安抚司，顺治十五年（1658年）封为沃日贯顶净慈妙治国师，乾隆二十年（1755年）颁授安抚司（治地今小金县沃日镇）。

瓦寺宣慰司，顺治九年（1625年）授宣慰使司银印（治地汶川县涂禹山）。

杂谷安抚司，乾隆十七年前因第一次金川之役助战有功升宣抚司（治地今理县营盘村）。

隶属茂州士司有沙坝安抚司（治地今茂县回龙乡）、静州长官司（治地茂县东静州）、岳希长官司（治地茂县石鼓乡）、实大关长官司（治地今茂县石大关）、陇木长官司（治地茂县陇木头）、水草坪巡检司（治地茂县西北约口）。

元明时期在松潘厅境内所置土司，到清代仍封袭原职。

“改土归流”建置土屯制——乾隆十七年（1752年），灭杂谷土司，置杂谷厅，其土司所属领地重新划分，其中杂谷土司直属辖地，划为杂谷屯、甘堡屯、上孟屯、下孟屯、九子屯。按照清代绿营兵制，每屯设守备为全屯最高官职，依次下设千总、把总、外委，“择其倾心投诚之头人，充任各级屯官，各归本寨，管领屯兵，以备派遣”，有战出征，无战屯田。两金川战事平定后，清朝廷极为重视两金川的建置，废除了两金川土司，实行“改土设屯”，地方建置实行同内地汉区相同的地方行政管理制度。在懋功屯务厅下，不仅设置汉屯，还设置土屯，实行“汉番分治”。一方面以防绿营兵携眷屯田，不久又将屯田绿营改为汉屯，包括懋功屯（治地今小金县美兴镇）、抚边屯（治地今小金川县抚边乡）、崇化屯（治地今金川县安宁镇）、绥请屯（治地今金川县城厢）、章谷屯（治地今甘孜州丹巴县章谷填）。各汉屯设营员（武职）和屯员（文职）各一名，催收兵民番练科粮、督劝耕垦地亩及管理汉番词讼，遇有军务征调差防，则由营员承办。另一方面，在懋功屯务厅管辖下，设立6个土屯，安插“投诚”的原两金川土司管辖的藏族百姓，“择其实心出力、人尚谨彀、并核其平日所著勤劳之等次与投诚之先后，酌赏以土守备、土千总、土把总、土外委等职。在绿营官兵的统辖之下分管其地百姓。乾隆四十一年（1776年）春，今小金地区建置别斯满屯、八角碉屯、宅垄屯、汗牛屯，今金川地区建置河东屯、河西屯。各土屯官员由清政府封赐当地头人担任并可子孙世袭，屯官的品位为守备正五品、千总正六品、把总正七品、外委正九品。

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